Der wesentlichste Unterschied zwischen der Kirchlichen Begleitung (Studierende Evangelische Religionslehre) der EKiR und den Katholischen Mentoraten der Bistümer Aachen, Essen, Köln und Trier, die auf dem Gebiet der EKiR liegen, ist die Freiwilligkeit zur Teilnahme an der evangelischen Studierendenbegleitung, wohingegen die Teilnahme am katholischen Programm verpflichtend ist.
Die evangelische Begleitung von Theologiestudierenden in Lehramtsstudiengängen erfolgt jeweils in Verantwortung der einzelnen Landeskirche. Das Katholische Mentorat ist bundesweit einheitlich etabliert.
Formate und Inhalte der Angebote der Kirchlichen Begleitung von Theologiestudierenden sind – ob evangelisch oder katholisch – z.T. sehr ähnlich, es gibt aber konfessionell und organisatorisch bedingte Unterschiede. Kooperationen zwischen den konfessionellen Angeboten ist in Teilen möglich und erfolgt an den entsprechenden Hochschulstandorten auf dem Gebiet der EKiR wenn dann lokal in verschiedener Weise.
Innerhalb der römisch-katholischen Kirche wurde nach unterschiedlichen Entwicklungsprozessen in den Regionen 2006 auf der Basis eines Rahmenkonzepts durch die Kommission für Erziehung und Schule der Deutschen Bischofskonferenz die verpflichtende Einführung der Kirchlichen Studienbegleitung in Form des Studienbegleitbriefs für Lehramtsstudierende der Katholischen Theologie in allen deutschen Bistümern befürwortet. Der Studienbegleitbrief umfasst in der Regel sechs Module: ein Orientierungsgespräch, Informationen zur Missio canonica, eine Einführung in die Spiritualität, die Teilnahme an einem Angebot zur Spiritualität, den Erwerb von Erfahrungen in einem kirchlichen Praxisfeld sowie ein Abschlussgespräch. Die katholische Kirchliche Studienbegleitung ist in den sogenannten Mentoraten am Hochschulort verortet. Die konkrete Gesamtorganisation ist jeweils eingepasst in die spezifischen Strukturen eines Bistums und des Hochschulstandorts.
Auf Bundesebene gibt es noch keinen strukturierten ökumenischer Austausch zum Arbeitsfeld Kirchliche Begleitung/ Katholisches Mentorat für Theologiestudierende in Lehramtsstudiengängen.